มีหน้าที่รับผิดชอบการอนุญาตเกี่ยวกับโรงงานรับบำบัดกำจัดกากอุตสาหกรรม (ประเภทหรือชนิดของ โรงงาน ลำดับที่ 101 105 และ 106) ตามกฎหมายว่าด้วยโรงงาน ประกอบด้วย การอนุญาตประกอบ กิจการโรงงาน การรับแจ้งการประกอบกิจการโรงงาน การขยายโรงงาน การเปลี่ยนแปลงสาระสำคัญใน ใบอนุญาตประกอบกิจการโรงงาน การพิจารณาอนุญาตมีไว้ในครอบครองซึ่งวัตถุอันตรายของเสียเคมีวัตถุ ตามพระราชบัญญัติวัตถุอันตราย พ.ศ.2535 การอนุญาตนำกากอุตสาหกรรม (สิ่งปฏิกูลหรือวัสดุที่ไม่ใช้แล้ว) ออกนอกบริเวณโรงงาน การแต่งตั้งตัวแทนผู้รวบรวมและขนส่งกากอุตสาหกรรม การออกเลขประจำตัว ผู้ดำเนินการเกี่ยวกับการจัดการของเสียอันตราย การจัดทำบัญชีประเภทและชนิดกากอุตสาหกรรม ให้ สอดคล้องกับสภาวการณ์ กำหนดมาตรฐานควบคุมการขนส่งกากอุตสาหกรรมตั้งแต่จุดเริ่มต้นจนถึงปลาย ทางการตรวจสอบ กำกับการดำเนินการโครงการศูนย์บำบัดกำจัดกากอุตสาหกรรม ที่กรมโรงงานอุตสาหกรรม จัดตั้งขึ้นหรือเข้าไปมีส่วนร่วม โครงการศูนย์บริหารจัดการวัสดุเหลือใช้อุตสาหกรรม (บางขุนเทียนและราชบุรี) และตรวจสอบโครงการบำบัดกำจัดด้วยวิธีการเผาและฝังกลบของเอกชน ตรวจสอบและกำกับข้อมูลการบำบัด กำจัดของผู้รับบำบัดกำจัดกากอุตสาหกรรม ตรวจสอบมาตรการและการวิเคราะห์และประเมินผลกระทบที่ เกิดจากการประกอบกิจการรับบำบัดกำจัดกากอุตสาหกรรม ตรวจสอบกำกับดูแล และจัดทำแผนป้องกันแก้ไข และควบคุมการปนเปื้อนของมลพิษที่ปนเปื้อนสู่ดิน และแหล่งน้ำใต้ดิน ตรวจสอบข้อมูลการรับ-ส่งของเสียของ โรงงานทำเชื้อเพลิงผสม (ลำดับที่ 106) ตรวจสอบกำกับผู้รับดำเนินการขนส่ง รถขนส่ง ตัวแทนผู้รวบรวมและ 3 ขนส่งกากอุตสาหกรรม สถานีขนถ่ายและจัดเก็บกากอุตสาหกรรม ตรวจสอบใบกำกับการขนส่งกาก อุตสาหกรรม (Manisfest) ตรวจสอบและกำกับการครอบครองขนส่งฝุ่นจากเตาหลอมเหล็ก การตรวจสอบ กำกับโรงงานรับบำบัดกำจัดกากอุตสาหกรรม โรงงานลำดับประเภทที่ 105 และ 106 เรื่องร้องเรียน ตรวจสอบการลักลอบทิ้งกากอุตสาหกรรม การติดตามฟื้นฟูสภาพแวดล้อมจากการทิ้งกากอุตสาหกรรม การ ตอบข้อหารือต่าง ๆ และปฏิบัติงานอื่น ๆ ตามที่ได้รับมอบหมาย แบ่งพื้นที่รับผิดชอบในการกำกับดูแล ดังนี้ คือ
          กาฬสินธุ์ ขอนแก่น ชัยภูมิ นครพนม นครราชสีมา บึงกาฬ บุรีรัมย์ มหาสารคาม มุกดาหาร ยโสธร ร้อยเอ็ด เลย สกลนคร สุรินทร์ ศรีสะเกษ หนองคาย หนองบัวลำภู อุดรธานี อุบลราชธานี อำนาจเจริญ ฉะเชิงเทรา ปราจีนบุรี สมุทรปราการ
   ภาระหน้าที่
   1. ฝ่ายบริหารทั่วไป
   2. ส่วนวิชาการและการกำกับข้อมูลกากอุตสาหกรรม (ส่วน 1)
   3. ส่วนอนุญาตการประกอบการ (ส่วน 2)
   4. ส่วนจัดการกากอุตสาหกรรมระหว่างประเทศ (ส่วน 3)
   5. ส่วนจัดการกากอุตสาหกรรมภายในประเทศ (ส่วน 4)
   6. ส่วนกำกับและตรวจสอบโครงการ (ส่วน 5)
   7. ส่วนกำกับการประกอบการและการขนส่ง (ส่วน 6)